Als onafhankelijk functionerende organisatie is de Rekenkamer vrij in haar onderwerpkeuze. In de Gemeenschappelijke Regeling De Noordelijke Rekenkamer is bepaald dat er een Programmaraad is, die als taak heeft het doen van suggesties ten behoeve van het onderzoeksprogramma. Van elke deelnemende provincie hebben de Staten drie leden uit hun midden aangewezen als lid van de Programmaraad. De huidige samenstelling is als volgt:

Drenthe                                                  Fryslân                                       Groningen

▪   W.M. Meeuwissen-Dekker (VVD)    ▪   K. Kielstra (VVD)                     ▪   K.A. Hazewinkel (PvdA)

▪   H.J. van der Ven (CDA)                    ▪   J.A. Tjalsma (CDA)                    ▪   J.H. Mastenbroek (SP)

▪   J. Vester (SP)                                   ▪   R. van Maurik (PvdA)               ▪   A.J.M. van Kesteren (PVV)