De organisatie bestaat uit het College en het bureau. Het College is verantwoordelijk. De voorbereiding en uitvoering liggen in handen van de medewerkers van het bureau. De Raad van Advies adviseert de Noordelijke Rekenkamer over het onderzoeksprogramma, de begroting en de wijze van communicatie over de onderzoeken. De Raad van Advies bestaat uit negen afgevaardigden uit de Provinciale Staten van de provincies Drenthe, Groningen en Fryslân.