Per 1 januari 2012 is de verantwoordelijkheid voor de subsidiering door het Waddenfonds van het Rijk overgedragen naar de provincies Fryslân, Groningen en Noord-Holland. Dit betekende dat de controletaak van de Algemene Rekenkamer (die de ministeries controleert) is overgegaan naar de provinciale rekenkamers.

In 2012 heeft de Noordelijke Rekenkamer samen met de Algemene Rekenkamer en de Randstedelijke Rekenkamer een beleidsbrief opgesteld. In deze brief werden lessen getrokken uit het onderzoek van de Algemene Rekenkamer naar het beheer van het Waddenfonds door het ministerie. Wat werkt wel en wat werkt niet?

In het onderzoek is gekeken naar de wijze waarop het Rijk tot januari 2012 uitvoering heeft gegeven aan het Waddenfonds. In de beleidsbrief zijn aanbevelingen opgenomen aan de Provinciale Staten van Fryslân en Groningen voor de volgende uitvoeringsfase van het Waddenfonds.